インストールメモ


gladeをcentos7で起動するとxcb pluginが見つからないエラー

2018/06/28 21:23 に 森山誠二郎 が投稿

CentOS7にglade (2018/6/29現在の最新版version4.6.47)をインストールしたのですが、gladeを起動すると
This application failed to start because it could not find or load the Qt platform plugin "xcb" in "".
というエラーが出て困ってました。不思議なことにrootだと起動する。

原因は、glade4_linux64_rh7_4.6.47/bin/platforms をroot以外は読めないことでした。
以下を実行すれば、一般ユーザでもgladeを起動できるようになります:

chmod +rx glade4_linux64_rh7_4.6.47/bin/platforms

ubuntu 16.04にchef server 12をインストール

2017/11/17 22:05 に 森山誠二郎 が投稿   [ 2017/11/18 0:57 に更新しました ]

1.chef serverのダウンロードサイトから、debファイルをダウンロードし、dpkg -iでインストール
2.chef-server-ctl reconfigure
3.https://localhost/にアクセスすると、以下のメッセージが表示されたので、それに従う

Are You Looking For the Chef Server?

Hello! It looks like you were trying to browse to your Chef Server but you haven't installed the Management Console.

If you prefer, you can access the server programmatically with the Chef Server API. To learn how to do this, head over to our API Documentation pages.

If you do want to use your browser to manage your server, then install the Management Console. It's free for up to 25 nodes.

One way to install the Management Console is to log in as root and type these commands:

 # chef-server-ctl install chef-manage 
 # chef-server-ctl reconfigure 
 # chef-manage-ctl reconfigure 
4.上記を実行し、https://localhost/にアクセスすると、コンソールのログイン画面にかわる
  get startedを実行し、アカウント情報を入力すると、確認メールが送られる設計となっているが、設定ができてない。
5. adminの登録
chef-server-ctl user-create anagix Joe Anagix support@anagix.com 'xxxxxxxxxxxx' --filename /home/anagix/.chef/anagix.pem
  次にorgとvalidatorを作る
chef-server-ctl org-create anagix 'Anagix Corporation' --association_user anagix --filename /home/anagix/.chef/anagix-validator.pem
6.knife.rbの作成
 以下の内容で作ってみる

log_level                :info
log_location             STDOUT
#node_name                'alb.anagix.com'                                               
#client_key               '/home/seijirom/.chef/client.pem'                              
node_name                'anagix'
client_key               '/home/anagix/.chef/anagix.pem'
validation_client_name   'chef-validator'
validation_key           '/home/anagix/.chef/anagix-validator.pem'
chef_server_url          'https://localhost/organizations/anagix'
7.SSL認証キーの設定
 /etc/hosts に 192.168.0.xxx install.anagix.comを追加
 別のマシーンで、letsencryptを実行し、install.anagix.com/fullchain1.peminstall.anagix.com/privkey1.pem
/var/opt/opscode/nginx/caにコピーし、install.anagix.com.crtとinstall.anagix.com.keyをシンボリックリンクにする
8.chef-client -c knife.rbを実行
 knife ssl check を実行すると、SSLの設定エラー(というかinstall.anagix.comをホスト名にしてないから)が出る。
knife ssl fetchとかして、適当にchef_server_urlをいじって、とりあえずローカルネットでのアクセスはできるようになった

Amazon LinuxでGUIを使う(ウィンドウマネジャ:Openbox)

2017/10/08 6:26 に 森山誠二郎 が投稿   [ 2017/10/08 7:13 に更新しました ]

Amazon Linuxはサーバ用途しか意図されてないため、ウインドウマネジャやデスクトップがyumレポジトリで提供されてない。
いずれvncで使うのであれば、ウィンドウマネジャさえあればなんとななるので、Openboxをソースから入れた。

1.https://github.com/danakj/openbox からgit clone
2.openboxで、./bootstrap & ./configure すれば足りないライブラリがわかる
 私の場合、以下をインストール
yum install glib2-devel 
yum install pango-devel
yum install libxml2-devel
3.make & make install
  /usr/local/binにインストールされる
4.vnc/xstartupを編集

#!/bin/sh                                                                     

#unset SESSION_MANAGER                                                        
#unset DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS                                               
#exec /etc/X11/xinit/xinitrc                                                  

[ -x /etc/vnc/xstartup ] && exec /etc/vnc/xstartup
[ -r $HOME/.Xresources ] && xrdb $HOME/.Xresources
xsetroot -solid grey
vncconfig -iconic &
xterm -geometry 80x24+10+10 -ls -title "$VNCDESKTOP Desktop" &
/usr/local/bin/openbox &

 このためにxtermを入れた
5.フォントも相当に制限されているようなので、ubuntuから、/usr/share/fonts/X11と/usr/share/fonts/truetypeをコピーした

AWSにX2Goで接続できるようにする

2017/10/06 19:10 に 森山誠二郎 が投稿   [ 2017/10/07 5:04 に更新しました ]

残念ながら無料枠で使えるメモリ1Gのマシーンでx2goserverを動かすと、負荷が非常に高くなり
遅くて実用に耐えない。したがって、VNCを使うしかなさそう(RDPは試してない)。


前提: Linuxは、Ubuntu (この時点では16.04)を入れること(Amazon LinuxはGUIで使えるように意図されてない)
1.AWSにx2go serverを入れる
sudo apt-add-repository ppa:x2go/stable
sudo apt-get update
sudo apt-get install x2goserver x2goserver-xsession
 サーバは自動的に起動される
2.lxdeを立ち上げる
How To Set Up GUI On Amazon EC2 Ubuntu serverはRDPで接続するものだが参考になる
 apt-get install lxde
 おどろいたがこれだけでインストールは終わる
3, 日本語フォントは今回はこれをいれた。よさげ。
 apt-get install fonts-noto-cjk fonts-noto-hinted
4.x2goclientを起動

Qflow 1.1: An Open-Source Digital Synthesis Flowのインストール

2017/09/17 16:22 に 森山誠二郎 が投稿   [ 2017/10/29 4:56 に更新しました ]

http://opencircuitdesign.com/qflow/index.html にしたがってインストール
AWSのAmazon Linux AMI 2017.03.1 (HVM), SSD Volume Type - ami-4af5022cにインストールする(これが失敗。Amazon Linuxは、GUIを想定してないので、tkがないとか制限非常に多い。Xで飛ばすのは出来そうだが、X2Goするのは絶望的。vncは入れられたが、ウィンドウマネジャのopenboxはソースから入れた。
0. Development toolsのインストール
 yum groupinstall "Development Tools"
0.1 timezoneの設定
  (参照: http://qiita.com/nikuruyo/items/19504660c50efe3c24c2)
/etc/sysconfig/clock で、ZONE="Asia/Tokyo"
ln -sf /usr/share/zoneinfo/Japan /etc/localtime
1.qflow 1.1
http://opencircuitdesign.com/qflow/archive/qflow-1.1.74.tgz をダウンロード
 ./configureすると、すぐにyosysなどを先にインストールする必要があるとわかる
2.yosys (含 abc)
  http://www.clifford.at/yosys/download.html にしたがってyosys 0.7をインストール
 UbuntuにはPPAがあるが、Amazon Linuxなのでソースからbuild
  git clone https://github.com/cliffordwolf/yosys.git
  cd yosys
  make config-clang
makeのためには、tclsh,tcl.h, clang, readline/readline.hが必要なので、yum install tcl-devel clang, readline-devel
ここで、python3が必要と来た!
 2.1 python3のインストール http://qiita.com/KeijiYONEDA/items/f9cf37cfc359aa893797
  yum install python35
   2.2 再度makeで、以下のエラー。原因は、bison (2..7)ではバージョンが古いらしい
frontends/verilog/verilog_parser.y:142.9-19: %define variable `parse.error' is not used make: *** [frontends/verilog/verilog_parser.tab.cc] Error 1
 対策は、https://www.reddit.com/r/yosys/comments/6j163z/parseerror_error_in_yosys_installation/ に書いているように、
yosys/frontends/verilog/verilog_parser.y で、以下のように2つのdefineをコメントアウトする
/* %define parse.error verbose                                                                                   %define parse.lac full */
2.3 fatal error: 'ffi.h' file not found のエラーの対策: yum install libffi-devel
 後知恵: https://github.com/cliffordwolf/yosys に必要なものが書いているので、先にこちらを見るべき
 make config-clangでは、  コンパイルが 59%まで行ったところで、clang: error: unable to execute command: Aborted
 となる。なので、make config-gccを試す
  コンパイルは100%まで行ったが、hg: コマンドが見つかりません とのエラー
 2.4 hg cloneできるようにするために、Mercurialインストール
  yum install git-hg
  無事、hg cloneができて、ABCがインストールされる
  2.5 make installすると、iverilogのインストールが必要なこと判明
git clone https://github.com/steveicarus/iverilog.git
  cd iverilogして、autoconf 実行
  gperfが必要なので、yum install gperf
    make & make install
     /usr/local/bin/iverilogにインストールされることに注意
 yosysのmake testでは、iverilogを使うので、export PATH=/usr/local/bin:$PATH し、make test
  make install で、yosysも /usr/local/binにインストールされる
3.Graywolf (Timberwolfのフォーク) 
  https://github.com/rubund/graywolf からインストール
git clone https://github.com/rubund/graywolf.git
cmakeを使ってるので、まず yum install cmake
  libgclが必要なので、yum install gsl-devel
 cmake . を実行
  X11/Xlib.h が必要なので、yum install libX11-devel
 make & make install
 注: http://opencircuitdesign.com/qflow/index.html には、graywolfにパッチをあてよと書いてるが、it is recommended to simply update graywolf from the git repositoryともあるので、パッチかけずに行く。
4.qrouter 1.3
 wget http://opencircuitdesign.com/qrouter/archive/qrouter-1.3.91.tgz
 tk.hが必要なので、yum install tk-devel できないか調べたが、Amazon Linuxは基本Desktopは使わせない姿勢なので、tkは
 提供されない。 see https://forums.aws.amazon.com/thread.jspa?threadID=120593
 CentOS6のrepoからtkを入れる方法は、https://hacknote.jp/archives/3820/ にかかれているが、ここはソースから入れることにする
 4.1 tkをソースからインストール
  8.5が推奨なので、以下をget
wget ftp://ftp.tcl.tk/pub/tcl/tcl8_5/tk8.5.19-src.tar.gz
   tar xzfして、
  cd tk8.5.19/unix/
    make & make install
 4.2 libXt-devel が必要なので、yum install libXt-devel
 make & make install
5.magic 8.1
wget http://opencircuitdesign.com/magic/archive/magic-8.1.185.tgz
 cshが必要なので、yum install csh   
 注: m4は入っていた。ncurses-devel(ubuntuではlibncurses-dev)も入っていた
 configure すると、OpenGL:noとなるが、ビデオカードはないので仕方ない。
 make & make install

(ここまでで、10Gディスクの使用量は、13% → 37%、make cleanしまくったら 27%まで落ちた)
6.netgen
  wget http://opencircuitdesign.com/netgen/archive/netgen-1.4.81.tgz
   tar xzf netgen-1.4.81.tgz
   cd netgen-1.4.81/
   ./configure
   make && make install
7.dinotrace
wget https://www.veripool.org/ftp/dinotrace-9.4e.tgz
tar xzf dinotrace-9.4e.tgz
cd dinotrace-9.4e/
./configure
ここで、/root/dinotrace-9.4e/src/dinotrace.h:101:19: fatal error: Xm/Xm.h: No such file or directory
となったので、motifのdevelが必要とわかる。さいわいopenmotif-develはAmazon Linuxでも提供されていた(消し忘れ?)。
yum install openmotif-devel
./configureしなおして、make&&make install
8.irsim
wget http://opencircuitdesign.com/irsim/archive/irsim-9.7.98.tgz
tar xzf irsim-9.7.98.tgz
cd irsim-9.7.98/
./configure
make && make install
9. ngspice-2.7 (XSPICEをenableする)
wget https://sourceforge.net/projects/ngspice/files/ng-spice-rework/27/ngspice-27.tar.gz
展開し、cdし、./configure したところで、Couldn't find Xaw libraryのエラーなので、
yum install libXaw-devel
気をとりなおして、
./configure --enable-xspice
make && make install
(この時点で、10Gディスクの使用量は、36%)

実行
http://opencircuitdesign.com/qflow/index.html のexampleを実行

~/work/proj を作成し、export project_dir=~/work/proj
その下に、source, synthesis, layout を作成
qflow synthesize place route map9v3 を実行
1. sudo ln -s /usr/local/bin/yosys /usr/local/share/qflow/bin/yosys する必要あった。
 qflowをmake installしなおしても状況変わらず。これだけではなかったので結局、/usr/local/share/qflow/bin/*をすべて/usr/local/bin/にコピーし、ln -s /usr/local/bin /usr/local/share/qflow/bin した。

2./usr/local/share/qflow/scripts/ypostproc.tcl で、最初の行が #!tclshとなっているのを、#!/usr/bin/tchshに書き換える必要あった
 そのほか、blif2cel.tclも同様。 -> インストール方法にも問題があるのか、原因を突き止める必要あり。とりあえず、全部#!/usr/bin/tchshに書き換える。
3.qrouterの前に、/usr/local/share/qrouter/qrouternullg: error while loading shared libraries: libtk8.5.so: cannot open shared object file: No such
file or directory

というエラー
ldd /usr/local/share/qrouter/qrouternullgで調べると確かに。
       linux-vdso.so.1 =>  (0x00007ffd35ff3000)
       libtk8.5.so => not found
仕方ないので、export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib すると、解決した。
4. netgenを実行すると以下のようにMISMATCHとなった(原因不明)
Circuit 1 contains 206 elements, Circuit 2 contains 206 elements.
Circuit 1 contains 228 nodes,    Circuit 2 contains 220 nodes. *** MISMATCH ***
5. irsimを実行すると、以下のメッセージがでて、dp,counter,srが ???と表示されているので、修正が必要と思われる。
There are too many transistors in parallel (> 30)
Simulation results may be inaccurate, to fix this you may have to
increase this limit in 'conn_list.c'.
Note: This condition often occurs when Vdd or Gnd are not connected
      to all cells.  Check the vicinity of the following 2 nodes:
      DFFSR_6/S
      DFFSR_22/a_488_24#

netgen-1.5.83をWSLにインストール

2017/06/27 21:28 に 森山誠二郎 が投稿   [ 2018/01/02 3:37 に更新しました ]

Ubuntuへのインストールと同じ。まったく問題なし。
apt-get install tk tk-dev
cd netgen-1.5.83
./configure --prefix=/usr/local/anagix_tools
make & make install

Dell Inspiron 1526にUbuntu Budgieはやめて、LinuxMint 18.1 Mate

2017/04/22 22:37 に 森山誠二郎 が投稿   [ 2017/04/23 1:33 に更新しました ]

Linux Mint KDEを入れていたがあまり使わないし、メモリが2Gときついので、Ubuntuで新しくでたBudgieをいれてみた。
Linux Mint KDE 18.1が動いてるマシーンで、ISOを焼きUSBブートを試みたが、ロゴは出るものの途中でフリーズする。
仕方ないので、netinstallのためにmini.isoをUSBに焼き、ネットインストール。
原因はわからないがgrubのインストールがエラーとなったのでLILOにしたが、LILOでブートせず。
UbuntuサーバのUSBがあったので、rescueモードで立ち上げ、/dev/sdb10に(chrootで?)入り、grub-install /dev/sdb
を実行。upadte-grubでエラー。device.mapをチェックしろと言っているようなので、
grub-mkdevicemap
を実行してから、update-grubできた。めでたくHDDからブートできるようになった。

Budgieよさげに見えたが、蓋を閉めるとサスペンドするのが不都合で、IgnoreLid=true in /etc/UPower/UPower.confしたが、サスペンドからもどらずやむなく電源OFFにしたところ、ファイルシステムが壊れた。Ubuntu GnomeもUSBに焼いてみたが、Budgie同様、USBブートせず。

結局、Ubuntuのインストールは諦め、今回は、LinuxMint 18.1 Mateにした。
MintのUSBはまったく問題なくブートした。Mateのみてくれは今ひとつだが、我慢する。

Windows 10でJupyter+iruby

2017/02/06 5:13 に 森山誠二郎 が投稿

Windows10でiRuby Notebookを確実に動作させる手順(2016/8/16版 ...に書いてある通り。

ポイントは、

  1. anacondaを入れる
  2. zeromqをhttp://zeromq.org/distro:microsoft-windows から入れて、C:¥Program Files¥ZeroMQ 4.0.4¥bin」の中にあるlibzmq-v90-mt-4_0_4.dllを rubyのところに入れる
  3. gem install ffi-rzmq --no-ri --no-rdoc

~/.python/kernels/ruby/kernel.json に以下のような記述をする

{"argv":["c:\\opscode\\chef\\embedded\\bin\\ruby.exe","c:\\opscode\\chef\\embedded\\bin\\iruby","kernel","{connection_file}"],"display_name":"Ruby 2.3.1","language":"ruby"}

qucs-sを実行するとUnable to load library icui18n というエラー

2016/12/09 5:02 に 森山誠二郎 が投稿

qt-4.8.7は、CentOS 6.8でソースからmake&&make installした。
Linux Mint KDE 18で実行すると以下のエラー
Unable to load library icui18n "Cannot load library icui18n: (icui18n: cannot open shared object file: No such file or directory)" 

解決法: CentOS6.8の /usr/lib64/にある以下のファイルを、 Linux Mintの /usr/lib/x86_64-linux-gnu/にコピーした
lrwxrwxrwx 1 root root       18  5月 17  2016 libicudata.so.42 -> libicudata.so.42.1
-rwxr-xr-x 1 root root 16037384  5月 11  2016 libicudata.so.42.1
lrwxrwxrwx 1 root root       18  5月 17  2016 libicui18n.so.42 -> libicui18n.so.42.1
-rwxr-xr-x 1 root root  1663232  5月 11  2016 libicui18n.so.42.1
lrwxrwxrwx 1 root root       16  5月 17  2016 libicuio.so.42 -> libicuio.so.42.1
-rwxr-xr-x 1 root root    49240  5月 11  2016 libicuio.so.42.1
lrwxrwxrwx 1 root root       16  5月 17  2016 libicule.so.42 -> libicule.so.42.1
-rwxr-xr-x 1 root root   218600  5月 11  2016 libicule.so.42.1
lrwxrwxrwx 1 root root       16  5月 17  2016 libiculx.so.42 -> libiculx.so.42.1
-rwxr-xr-x 1 root root    50504  5月 11  2016 libiculx.so.42.1
lrwxrwxrwx 1 root root       16  5月 17  2016 libicutu.so.42 -> libicutu.so.42.1
-rwxr-xr-x 1 root root   129112  5月 11  2016 libicutu.so.42.1
lrwxrwxrwx 1 root root       16  5月 17  2016 libicuuc.so.42 -> libicuuc.so.42.1
-rwxr-xr-x 1 root root  1378920  5月 11  2016 libicuuc.so.42.1


Linux Mint KDE 18にXyce6.6をソースからインストール

2016/12/02 1:30 に 森山誠二郎 が投稿

XyceのバイナリはCentOS6用しかないので、ソースからインストールする
1.ubuntuに開発用ライブラリインストール
apt-get install gfortran cmake bison flex libfftw3-dev libsuitesparse-dev libblas-dev liblapack-dev libtool
2.Xyce-6.6.tar.gzをxzfできず、xfはできる(つまりgzipされてない!)
3.Trilosのインストールが先に必要
 trilinos-12.6.3-Source.tar.gz をダウンロード
 以下のreconfigureを適当なディレクトリにつくり実行する(注意: ソースの中に置いて実行すると、 Trilinos does not support in source builds! というエラーが出る)
 今回は、/usr/local/anagix_tools/src/trilinos-12.6/reconfigure を作成し、そのディレクトリで 実行し、make && make installした。

!/bin/bash
SRCDIR=$HOME/Trilinos12.6/trilinos-12.6.3-Source
ARCHDIR=$HOME/XyceLibs/Serial
FLAGS="-O3 -fPIC"
cmake \
-G "Unix Makefiles" \
-DCMAKE_C_COMPILER=gcc \
-DCMAKE_CXX_COMPILER=g++ \
-DCMAKE_Fortran_COMPILER=gfortran \
-DCMAKE_CXX_FLAGS="$FLAGS" \
-DCMAKE_C_FLAGS="$FLAGS" \
-DCMAKE_Fortran_FLAGS="$FLAGS" \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$ARCHDIR \
-DCMAKE_MAKE_PROGRAM="make" \
-DTrilinos_ENABLE_NOX=ON \
-DNOX_ENABLE_LOCA=ON \
-DTrilinos_ENABLE_EpetraExt=ON \
-DEpetraExt_BUILD_BTF=ON \
-DEpetraExt_BUILD_EXPERIMENTAL=ON \
-DEpetraExt_BUILD_GRAPH_REORDERINGS=ON \
-DTrilinos_ENABLE_TrilinosCouplings=ON \
-DTrilinos_ENABLE_Ifpack=ON \
-DTrilinos_ENABLE_Isorropia=ON \
-DTrilinos_ENABLE_AztecOO=ON \
-DTrilinos_ENABLE_Belos=ON \
-DTrilinos_ENABLE_Teuchos=ON \
-DTeuchos_ENABLE_COMPLEX=ON \
-DTrilinos_ENABLE_Amesos=ON \
-DAmesos_ENABLE_KLU=ON \
-DAmesos_ENABLE_UMFPACK=ON \
-DTrilinos_ENABLE_Sacado=ON \
-DTrilinos_ENABLE_Kokkos=OFF \
-DTrilinos_ENABLE_ALL_OPTIONAL_PACKAGES=OFF \
-DTPL_ENABLE_AMD=ON \
-DAMD_LIBRARY_DIRS="/usr/lib" \
-DTPL_AMD_INCLUDE_DIRS="/usr/include/suitesparse" \
-DTPL_ENABLE_UMFPACK=ON \
-DUMFPACK_LIBRARY_DIRS="/usr/lib" \
-DTPL_UMFPACK_INCLUDE_DIRS="/usr/include/suitesparse" \
-DTPL_ENABLE_BLAS=ON \
-DTPL_ENABLE_LAPACK=ON \
$SRCDIR

4. Xyceのソースディレクトリで、

CXXFLAGS="-O3 -std=c++11" LDFLAGS="-L/usr/local/anagix_tools/XyceLibs/Serial/lib" CPPFLAGS="-I/usr/include/suitesparse -I/usr/local/anagix_tools/XyceLibs/Serial/include" ./configure --prefix=/usr/local/anagix_tools

注意: -std=c++11 を指定しないと、configure: error: Sorry, Ifpack headers not found
という訳わからんエラーがでる。(config.logを見ると、

/usr/include/c++/5/bits/c++0x_warning.h:32:2: error: #error This file requires compiler and library sup\
port for the ISO C++ 2011 standard. This support must be enabled with the -std=c++11 or -std=gnu++11 co\
mpiler options.

というエラーが出ていた。)

5. make & make install
Xyceが/usr/local/anagix_tools/binにインストールされる
6. CentOS版と合わせて、添付のrunxyceスクリプトをXyceと同じディレクトリに入れて終わり.

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